蝙蝠是许多病毒的自然宿主，包括埃博拉病毒、马尔堡病毒、狂犬病毒、亨德拉病毒、尼帕病毒，以及2003年在我国暴发的SARS病毒等。蝙蝠具有特殊的免疫系统，携带病毒却极少出现病症。在漫长的进化历程中，蝙蝠成为了上百种病毒的自然宿主。对于病毒溯源的研究来说，蝙蝠地位很特殊，是重点的关注对象。
中国科研人员发现，蝙蝠体内一个被称为“干扰素基因刺激蛋白-干扰素”的抗病毒免疫通道受到抑制，这使得蝙蝠刚好能够抵御疾病，却不引发强烈的免疫反应。野生蝙蝠可能会携带很多病毒，但是它们都维持在一个较低的水平上。
2011年，中国科研人员在云南的一个蝙蝠洞里，首次检测到了和SARS病毒相近的SARS样冠状病毒“S基因”。2013年，科研人员从样品中分离出第一株蝙蝠SARS样冠状病毒的活病毒，显示出更为相近的“S基因”，让这株病毒能够使用和SARS病毒相同的受体，并能够感染人的细胞。此举让全球科学家对SARS病毒起源的分歧、争论越来越少，认识“趋于一致”。2016年，科研人员通过全国范围内蝙蝠病毒组研究发现，蝙蝠SARS样冠状病毒和SARS病毒具有几乎一样的，而其他所有物种冠状病毒没有与之相同的基因特征结构。因此，源头目标变得更加清晰
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